1990年4月に開園、財団法人県農林振興センターが管理してきた。しかし2004年8月に県が県から因島市への移管を提案し、協議をつづけてきた。合併後尾道市は少なくとも移管後10年は花公園として管理していくことを条件に、土地、大温室などの建物を無償譲渡されることになった。

　旧因島市は合併直前に検討委員会を設置し、大温室、レストハウス、特産品直売所などの整備などを尾道市に要望した。それを受けて市は合併後の平成18年度当初予算案において、因島フラワーセンター整備費1億5000万円を決定した。

　その後尾道市は、「年間数千万円の維持費を少しでもへらしたい」として、施設の運営・活用法、入園料のあり方について検討に入った。亀田良一市長も6月市議会一般質問に答えて、向島洋らんセンター、シトラスパーク瀬戸田、因島フラワーセンターの3施設について、「負担が重くなっている。新しい発想で考える必要がある」と答弁した。

　尾道市は9月市議会に因島フラワーセンター移管に伴う条例を提出する。それに向けて移管後のフラワーセンターの運営方針が明きらかにされる。